私が航空券を探すときによく使うのが Google Flights と Kayak です．どちらも便利ですが，使う場面は微妙に違います．
Google Flights は運賃が安い日程・目的地を幅広く探すのに適しています．例えばカレンダーには2ヶ月単位で各日の最安値が出てきます．
マップに値段が表示されるのも便利です．
航空会社やアライアンスで絞ることもできます．
この絞込みはマップにも反映されるので，狙っているアライアンスやエアラインが安い目的地を探せます．
しかし実際にフライトを選択するときになるとやや不便です．往路のフライトから順に選ばなければなりませんし，到着時刻で絞ろうにも範囲が24時間しかなく，それ以上ばらつきがある場合 (国際線に多い) には使えません．
あとは，ときどき検索されないエアラインがあったり，実際に予約しようにもできない運賃が表示されたりすることがあることにも要注意です．
Google Flights を使って日程や目的地をある程度具体化させた後は，Kayakの方が便利です．このように同じ復路フライトのものだけを表示することもできますし，発着時刻も実際の範囲から絞り込むことができます．
Google Flights にも予約サイトへのリンクは出てくることが多いですが，Kayak の方が実際に予約できる場合が多いような気がします．
Takさん G-Flightsは、とても便利ですね。たしかにMapと価格が表示される機能が優れています、結構間違いの結果データや、Paymentリンクに飛べない表示もかなり含まれていますが（笑）、概要を確認するには十分です。G-FのMap機能から、A市に行こうと思って調べている内に、まだ訪問していないB市、C市が割安で表示されプランを変更したこともありました。（現在でもありますね。）
エアラインの特典チケット検索でもこういった必要マイル表示数が世界地図と共に出てくれば、わかりやすく利用しやすくなります。もっと利用者が増えることでしょう。どこの航空会社なのかかわかりませんが、まず先に実施してもらいたいです、他社も同様に追随実施することでしょう。
NWエリアさん
確かにちょっと最近間違いが多い感じもしますね．値段は合ってるけどクラスが違うとか・・・それで糠喜びをさせられたことが何度もあります (苦笑)．
特典の方が運賃の種類は少ないので有償よりは簡単な感じもしますが，それでも提携他社まで含むと難しそうです．それでなくても，ないはずの枠が出たり，いざ予約しようとするとエラーになったりというのは日常茶飯事なので，エアラインのITレベルで可能とはとても思えません (笑)．